Den specialtrænede lejemorder Jason Bourne er stadig en mand uden hjemland og pas, og filmen fortsætter, hvor The Bourne Identity og The Bourne Supremacy sluttede. Efter at have fået hævn over de personer, som myrdede hans kæreste, forsøger Bourne at glemme sin fortid og begynde et nyt liv. Da en engelsk avis spekulerer i hans eksistens, bliver Bourne igen jaget vildt.