G.I. Joe -erikoisjoukoilla on jälleen vastassaan terroristiryhmä Cobra, joka on onnistunut soluttamaan yhden miehistään Valkoiseen taloon. Valtakunnan korkeimman hallinnon horjuessa G.I. Joen jäsenet eivät voi enää luottaa keneenkään, ja kaataakseen Cobran he pyytävät apua ryhmänsä legendaariselta perustajalta Joseph Coltonilta.