Kremliin tehdyn pommi-iskun jälkeen IMF leimataan terroristijärjestöksi, ja Ethan Huntin osaston toiminta lopetetaan. Ethanin ei auta kuin vetäytyä maan alle ja yrittää puhdistaa osastonsa nimi yhdessä muiden entisten IMF-agenttien kanssa. Kun Ethan saa vihiä uudesta terrori-iskusta, hänen on tehtävä kaikkensa estääkseen tuhotyö, niin mahdottomalta kuin se tuntuukin.