Filmen, som handler om den russiske munk og ikonmaler Andrej Rubljov, der var aktiv i Moskva-riget i 1400-tallet, fortælles i ni kapitler, hvor vi følger Rubljovs rejse gennem et Rusland, der er hærget af borgerkrig. De ledende fyrster strides om magten, og i byerne frygter man tatarinvasioner. Midt i alt kaos forsøger Rubljov at finde svar på de store livsgåder og sin egen betydning i sammenhængen.