Efter att ha utmanat en elak drake, befriat en vacker prinsessa och räddat sina svärföräldrars kungarike, vad ska ett träsktroll göra då? Shrek lever stillsamt familjeliv men saknar tiden som "riktigt" träsktroll. Han luras att ingår ett avtal med en skojare vid namn Bullerskaft för att få tillbaka lite av hans gamla liv. Helt plötsligt befinner sig Shrek i en skruvad alternativvärld, bullerskaft är kung, Shrek och Fiona har aldrig träffats m.m. Nu måste Shrek göra allt han har gjort ogjort för att ställa allt till rätta igen.