Napoleon Dynamite är en socialt efterbliven tonåring som bor i Idaho med sin storebror Kip, deras mormor och laman Tina. Brorsan är arbetslös och ägnar dagarna åt att chatta med "babes". Mormor lever ett dubbelliv med sina mystiska pojkvänner och fyrhjulingar i öknen. Napoleon får två vänner i skolan – den blyga Deb, som kämpar för att få ihop pengar till college, och utbytesstudenten Pedro.