Alcatraz okkuperes av elitesoldater ledet av Oberst Hummel. Med turister som gisler retter de raketter ladet med biologiske stridsmidler mot San Francisco. Mannen som kan redde byens innbyggere fra en sikker død er John Patrick Mason - den eneste fangen som noensinne har rømt fra Alcatraz og overlevd. Mason må nå føre politiet samme veien inn i fengselet som han selv en gang kom seg ut gjennom.