Når en CIA-operasjon for å kjøpe hemmeligstemplede, russiske dokumenter avsløres av en rivaliserende agent - og som deretter dukker opp i den fredelige kystbyen hvor Bourne og Marie har levd under dekknavn - bryter de opp sin tilværelse der og flykter. Bourne blir enda en gang nødt til å gjenoppta sitt gamle liv som utdannet leiemorder for å overleve.