Den utstøtte high school-studenten Peter Parker ble forlatt av sine foreldre som liten og vokste opp hos onkelen og tanten. En dag oppdager Peter en mystisk dokumentmappe som kan hjelpe ham å forstå foreldrenes forsvinning. Ledetrådene fører ham til Oscorp og laboratoriet til Dr. Curt Connor, farens tidligere kompanjong. Spider-Man kommer på kollisjonskurs med Connors? alter ego og må ta i bruk alle kreftene sine for å forme sin skjebne og bli en helt.