Skilpaddene tror at deres fiende Shredder er død etter at han falt i søppelknuseren i slutten av forrige film. Fotklanen har fått vite om deres gjemmested i kloakken og derfor bor de midlertidig hos journalisten April mens de jakter på et nytt tilholdssted. Shredder vender tilbake og muterer til Super-Shredder. Den endelige kampen mellom dem finner sted i havnen, og skilpaddene unnslipper så vidt.