Filmen fortsetter umiddelbart etter hendelsene i Resident Evil: Retribution, hvor Alice er den eneste overlevende etter det som skulle bli menneskets siste opprør mot de udøde. Nå må hun vende tilbake til stedet hvor marerittet begynte, The Hive i Raccoon City, der Umbrella Corporation samler styrkene sine foran et endelig slag mot det som gjenstår av menneskeheten.