Når Jay undersøker en rutinesak, oppdager han et stort intergalaktisk komplott som planlegges av Serleena, et ondt rommonster forkledd som vakker modell. Når Serleena tar hele MiB-bygningen som gissel er det bare en som kan hjelpe Jay, nemlig Kay. Kay jobber for tiden i Postverket, lever et stille familieliv og har ingen anelse om at han har vært agent innen MiB, men det får han snart oppdage...