Alle våre gamle venner er tilbake igjen, løven Alex, sebraen Marty, giraffen Melman og pingvinene. I denne oppfølgeren forsøker gjengen å komme seg fra Madagaskar tilbake til New York - ved hjelp av et krasjet fly som pingvinene har forsøkt å lappe sammen. Mot alle odds lykkes de å få flyet på vingene og gjengen ser fram til å komme hjem til tryggheten i Central Park dyrehage. Men skjebnen vil det annerledes?