De fryktløse oppdagerne fra Disneys animerte hit-film, Atlantis: En forsvunnet verden, er tilbake. Under den forrige ekspedisjonen fant Milo Thatch og kompani den berømte undervannsbyen, og reddet det mystiske kongeriket med alle dets innbyggere. Nå må Milo, Kida og gjengen utruste seg for mer action. Teamet må forlate Atlantis når det blir trøbbel på overflaten, og de oppdager mystiske krefter i sving. Fra de støvete ørkenene i sørvest, til de iskalde høydene i de nordiske fjellene, setter teamets nye eventyr dem opp mot gigantiske sjømonstre, fantastiske ånder, og kraftfulle legender. Midt i utflukten oppdager Kida de utrolige kreftene til de forheksede krystallene, og må til slutt avgjøre om det klokeste er å skjule Atlantis` Hjerte, eller dele dets lys med resten av verden.