X-Men-mutanteilla on mahtavia ominaisuuksia: jotkut pystyvät siirtämään esineitä pelkän ajatuksen avulla ja toiset pystyvät tappamaan katseellaan. Heidän tehtävänsä on suojella ihmisiä, jotka sekä pelkäävät että vihaavat heitä. Tässä seikkailussa professori Xavierin, Wolverinen, Cyclopsin, Stormin ja muiden sankareiden on työskenneltävä yhdessä perivihollisen Magneton kanssa taistelussa vielä pahempaa vihollista vastaan.