Kuusi nuorukaista elää päivisin normaalia kouluelämää vältellen ongelmia, solmien ihmissuhteita ja puurtaen kotiläksyjen parissa. Mutta kun aurinko laskee horisontin taakse, muuttuvat ystävykset lahjakkaiksi ninjoiksi, jotka käyttävät taitojaan puolustaakseen Ninjagon saaren salaisuuksia. Kun eräänä päivänä ilkeä Garmadon hyökkää saarelle, joutuvat ninjat antamaan kaikkensa kukistaakseen voimakkaan velhon.