År 1630 i New England. William og Katherine lever som gode kristne med deres fem børn på en gård i udkanten af en dyb og uigennemtrængelig vildmark. Da en nyfødt søn forsvinder sporløst, og afgrøderne rammes dårlig vækst, opstår der tvivl og mistro i familien. The Witch er en skildring af en familie, som bliver ødelagt af deres egen frygt og angst og bliver offer for ondskab, som er umulig at flygte fra.