Da Jay undersøger en rutinesag, opdager han et stort, intergalaktisk komplot, som er planlagt af Serleena, et ondt rummonster forklædt som smuk model. Da Serleena tager hele MIB-bygningen som gidsel, er der kun en, som kan hjælpe Jay, nemlig Kay. Kay arbejder nu i posten, lever et roligt familieliv og ved ikke, at han har været agent i MIB - men det finder han snart ud af...