Den militære eliteenhed G.I. Joe fortsætter kampen mod den ondsindede organisation Cobra, som har taget kontrol over USA’s præsident og tilintetgjort G.I. Joe-basen. Samtidig med at de overlevende soldater jages for at have begået forbrydelser mod staten, får de hjælp af organisationens grundlægger Joseph Colton for at tage hævn over Cobra.